Meskipun gejala awal penyakit ginjal kronis tidak mudah diketahui, namun kasus penyakit ini dapat dilacak dari faktor penyebab yang paling mungkin berperan. Selain faktor penuaan, penurunan fungsi ginjal juga dapat terjadi karena adanya gangguan kesehatan/penyakit, kecelakaan, atau keracunan. Gangguan kesehatan/penyakit yang paling banyak berpengaruh terhadap kerusakan ginjal yaitu infeksi, batu ginjal, dan penyakit kronis.

Berdasarkan penyebabnya terdapat 3 kelompok penyakit ginjal kronis :

1. Penyakit ginjal diabetik merupakan komplikasi dari penyakit diabetes melitus yang berakibat pada penyempitan pembuluh darah ginjal sehingga terjadi kerusakan ginjal kronis. The Journal of the American Medical Association (JAMA), edisi 26 Juli 2006, melaporkan hasil penelitian Meda E. Pavkov, MD, PhD dari National Institute of Health Amerika Serikat mengenai pengaruh langsung diabetes melitus tipe 2 pada usia < 20 tahun terhadap meningkatnya risiko gagal ginjal terminal dan kematian pada usia antara 25 - 55 tahun.

2. Penyakit ginjal non diabetik disebabkan oleh penyakit glomerular (autoimun, infeksi sistemik, dan neoplasia), penyakit vaskular (pembuluh darah besar, hipertensi, dan mikroangiopati), dan penyakit tubulointestinal (infeksi saluran kemih, batu saluran kemih, obstruksi, dan keracunan obat).

3. Penyakit ginjal transplan berupa penolakan kronis ginjal baru, keracunan obat, penyakit rekuren, dan glomerulopati transplan.

Namun yang perlu diperhatikan adalah penyakit ginjal kronis akibat penyakit kronis yang saling berkaitan erat, seperti diabetes melitus, hipertensi, dan penyakit jantung. Bila salah satu penyakit tersebut terjadi, biasanya akan memicu penyakit lainnya. Begitu pula dengan gangguan pada darah (anemia dan kanker) juga saling berkaitan erat dengan penurunan fungsi ginjal. Itulah sebabnya penyakit ginjal bawaan dengan gejala anemia yang kemudian disertai dengan penyakit serius lainnya menyebabkan kerusakan ginjal semakin buruk.